以武汉为中心进行确诊的新型冠状病毒肺炎在短短的一段时间内进行了十分迅猛的发展，并向全国各地范围进行了蔓延，对于病症的治疗，找到病毒的来源也是十分重要的。根据发病的时期，地点一起特质，相关专家迅速锁定了，此次的肺炎病毒来源乃是武汉华南海鲜市场的野生动物，但是这个病毒究竟是哪一种动物所携带的呢。
自复旦大学张永振团队2020年1月10日公布这种新型冠状病毒的基因序列后，针对该病毒的传染途径、发病机制和宿主来源等，各高校和科研机构争相发表研究成果，但各方基于基因模型分析的结果相差甚远，人们目前能确认的只是这种冠状病毒来自各种可能的野生动物。
寻找中间宿主有利于切段病毒传播链，但病原追溯过程可能会长达数十年。2003年SARS时期，专家通过前期的流行病学调查，很快将目标瞄准广东野生动物市场，并从市场上售卖的果子狸体内分离和检测到了和SARS病毒完全一样的病毒。在政府下令全面捕杀果子狸，并关闭野生动物市场后，广东再没有出现SARS新增病例。
“蝙蝠女侠”石正丽首先实验证明这种病毒极可能来自蝙蝠。1月23日，中国科学院武汉病毒研究所石正丽团队发现该病毒(2019-nCoV)与此前在云南中菊头蝠上检测到的蝙蝠冠状病毒RaTG13相比较具有96.2%的一致性。
据石正丽介绍，新型冠状病毒可能与当年的SARS病毒一样，其自然宿主都来自蝙蝠，但该病毒的中间宿主是什么，目前仍不明晰。
不过，国际知名病毒学家罗光湘接受界面新闻采访时表示，石正丽团队最近从蝙蝠分离到与武汉新型冠状病毒高度同源的病毒，但该病毒是否存在于其它动物仍不清楚，需要采集不同动物样本进行检测。
北京大学工学院生物医学工程系教授朱怀球团队1月24日在bioRxiv预印版平台发表的研究文章提示，蝙蝠和水貂可能是新型冠状病毒的两个潜在宿主，其中水貂可能为中间宿主。
研究认为，与感染其他脊椎动物的冠状病毒相比，蝙蝠SARS样冠状病毒与新型冠状病毒具有更相似的感染模式。此外，通过比较所有宿主在脊椎动物上的病毒传染模式，发现水貂病毒的传染性模式更接近新型冠状病毒。
关于蛇是此次新型冠状病毒中间宿主的说法一经发布便遭到质疑。1月23日，《自然》杂志发布的一篇评论指出，“他们没有证据表明蛇可以被这种新的冠状病毒感染并作为宿主，除了哺乳动物和鸟类以外，不存在一致的证据证明其他宿主中存在beta冠状病毒。”
科研自媒体《知识分子》发表文章质疑，此前流行的SARS和MERS病毒的自然宿主均是蝙蝠，通过果子狸和骆驼传染给人，也就是说，病毒的传递是在哺乳动物之间进行的。
但蛇不是哺乳动物，而是爬行类。质疑文章认为，“好比一个人从武汉出发去北京，如果中间必须转一次车，他最合理的选择是在武汉到北京之间的一站，比如郑州。但如果有人建议他到贵阳去转车，就会让人感到意外了。”
华南海鲜市场明面上是一出海鲜市场，但是私下却存在着大量的野生动物交易，而正是这些野生动物身上携带的病毒与人产生了交叉感染，才导致了疫情的发生。人与自然本事和谐相处，这种不正当的交易以及贪食才造成了如今的恶果。目前华南海鲜市场扔存在大量的冠状病毒，找到病毒的源头对于疫情的治疗也有极大的作用。
